Calcit ist in der Natur weit verbreitet.
In flachen Meeren oder Seen lagert es sich häufig ab und bildet ausgedehnte Kalksteinschichten.
Grundwasser kann Kalkstein auflösen und auch Calcit umwandeln, beispielsweise in Stalaktiten, Stalagmiten und Travertin. Grundwasser, das im Boden in der Nähe des Grundwasserspiegels aktiv ist, bildet häufig Calcitknollen, die entlang einer bestimmten horizontalen Ebene verteilt sind; Geologen bezeichnen diese gemeinhin als Kalkknollen.
Durch hydrothermale Aktivität entstehen häufig Calcitadern, von denen einige Mineralien enthalten und andere nicht. Gut-gebildete Kristalle werden häufig in Geoden gefunden.
In durch magmatische Aktivität gebildeten Karbonaten macht Calcit typischerweise etwa 80 % aus.
Darüber hinaus fungiert Calcit auch als Zement in klastischen Sedimentgesteinen und als Mineral, das aus der Umwandlung grundlegender magmatischer Gesteine entsteht und zu verschiedenen Gesteinen beiträgt. Aufgrund der Grundwasseraktivität füllen Calcitadern häufig die Spalten verschiedener Gesteine.
Durch Sedimentation gebildeter Kalkstein durchläuft häufig eine regionale oder Kontaktmetamorphose, bei der der darin enthaltene Calcit rekristallisiert und gröbere Calcitaggregate-Marmor bildet.
